“韦驮天” × “魔族” × “人类”，世人无从知晓的禁断大逃杀现在开始——经过一番壮烈的战斗，以压倒性的速度与强大而自豪的战斗诸神“韦驮天”封印了导致世界毁灭的“魔族”，自那以后过了800年。如今，“那场战斗”不过是遥远神话当中的传说故事而已。从出生起一次都没有战斗过的“平稳世代的韦驮天们”享受着安逸的生活，此时不知何人让魔族从漫长的沉睡当中再度复活了——武力、智略、政治、阴谋，总之只要是能用上的东西不论什么都拿出来吧！无规则＆无限制的三方大逃杀现在开始！！
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
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《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
