公元1333年，为日本的武士治国打下基础的镰仓幕府，因为深得信赖的幕臣·足立高氏的谋反而灭亡。失去一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人·北条时行，在自称是神的神官·诹访赖重的指引下逃出了化为焦土的镰仓……。时行在逃亡到诹访后，遇见了值得信赖的伙伴，并慢慢累积夺回镰仓所需的力量。面对时代变迁的惊涛骇浪，与「战斗」、「死亡」的武士生存之道背道而驰，时行选择以「逃跑」、「求生」克服困境。开始于这英雄众多的乱世，时行重新夺回天下的鬼抓人游戏将如何发展呢――。
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。
十万年前，忘仙宗老祖陈玄无敌于天下却在巅峰时退隐，无人知晓，他是因系统金手指故障无法继续突破，担心晚节不保，才隐居世间的。某天，宗门后代女弟子前来求救，却让系统成功重启。只要培养后代，他可以继续变强，可以继续独断万古！躲了十万年的玄天帝，带着全新的金手指出山了。
不会有什么有趣的事情发生吗？虽然智子心里发牢骚，但她自己并没有真正做任何事情，而是和小优以及突然闯入的黑帮（至少她是这么认为的）一起度过了慵懒的中学生活。有一天，智子用她找到的钥匙潜入了禁区屋顶。当我享受着一种奇怪的自由感时，一个我不认识的低年级学生偷偷溜到了屋顶上。智子非常慌乱，行为开始变得奇怪。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？
