成功将奎因·埃尔贡从监狱中救出五天后，加里·古德斯皮德、团队小队和博洛发现自己被困在可怕的终极空间维度中，一切都只是生存的问题。在 Invictus、刚刚复活的指挥官和泰坦的无情追捕下，团队小队唯一的希望就是在为时已晚之前与地球上最后的幸存者结盟。
北辰世家镇守北境灵障，与五大家族共治高武世界。庶子萧烬血脉平庸，遭师父林烨暗算身亡，意外重生回到启灵大典前夕，觉醒逆天系统，决心复仇改命。他收服叶岚，当众斩杀林烨，潜龙宴强势立威；硬接家主林苍一击，吞并寒渊阁，入灵境得上古神兵与玄铁黑剑，蝉联启灵榜首，与祖龙契约斩杀林影。后加入玄龙卫，助叶岚修复道基，收服灵宠洗髓伐脉，追查叛徒与魔教，策反洛无影，平定叛乱家族。林苍揭穿其重生身份，萧烬坚守道义不弃同伴，终获认可，一步步登顶北辰世家权力巅峰。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
