距离寇拉和瓦图大战后已经过了几个星期了，那场大战对世界造成了改变，有一些无宗术者因那场大战后，意外成为了气宗，寇拉和坦辛认为应该要引导他们成为真正的气宗，所以寇拉一行人前往出现了许多气宗的地方 土强国，决定把那些成为气宗的人集合起来带到北方大气寺去训练他们， 重振气和族，但这时有四位身手高强的人出现并以绑架神通为目标，寇拉又再度面临新的危机。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
张凡来到异界，好不容易成为修士，却遭人陷害修为全失，生死存亡之际，系统终于上线，什么神使、仙妖皇，在他面前皆为土鸡瓦狗，天下无敌的张凡也想一剑出鞘，直破云霄，但无敌剑域居然有范围限人制，为了获得扩展领域所需的经验值，张凡只能引诱那些不怀好意的人前来。从此，此方世界多了一个力压无数天骄、一剑通神的传说......
