康熙12年11月，吴三桂联合耿精忠、尚之信发动了三藩之乱。占领了江南大部，20岁的康熙皇帝，派兵三路应敌，局势相当紧张，而此刻，黄河大水泛滥。安徽巡抚靳辅受命加收救灾捐税，在筹款过程中，歙县知县唐敏，为了讨好上司，不顾百姓死活，催逼勒索，交的节流最多，靳辅对此并不知情，当众表扬了他。唐敏得到巡抚赏识更有恃无恐。而上交款子最少的知县于成龙却不买账，不仅顶撞了靳辅，还挪喻靳辅是个昏官。
跟随年轻的勒罗伊·杰思罗·吉布斯 （Leroy Jethro Gibbs） 在 NCIS 彭德尔顿营办公室开始他的职业生涯，成为一名新特工。
距今 30 年后，在东方小国——叁国，AI 技术已深度控制人类社会的各方面。一群有识青年组成随机联盟，利用易经文化研究出一套随机万能公式，向 AI Zero 发起实时挑战赛，以期让更多人重新发现到人类自身的力量和无限可能性。
马云飞和高寒婚礼的当天，来了一个不速之客——“五号特工组”的老朋友老于，恳请他们再次出山，执行一项别人无法完成的任务：追查盗窃美国核武器资料的双料间谍吉川猛夫。为此，高寒做了落跑新娘，跟随欧阳剑平和李智博赶赴云南接受任务，马云飞和何坚也被迫出山，于是“五号特工组”五位成员：语言专家欧阳剑平、爆破专家李智博、特工马云飞、密码专家高寒、“神偷”何坚再次集结上了前线。同时，日本方面派出了他们的杀手锏，酒井朝香——她是酒井美惠子的亲妹妹，一个手腕更加毒辣凶狠的高级女间谍。“五号特工组”出师不利，被吉川猛夫还没有暴露的同伙陷害入狱，五号无奈之下集体越狱……一面躲避美军的追捕，一面追击吉川猛夫，最终揪出了美军内部的叛徒，抢在酒井朝香之前找到了失窃的核武器资料。战事愈演愈烈，前方战场的士兵出现了大规模病毒感染，五号特工组受命调查，路上和这场病毒站的祸首桥本失之交臂。桥本还是个视科学试验高于一切的科学怪人，他给高寒注射了病毒，把她当试验品绑架走，一路细心的保护研究。马云飞、李智博、何坚深入滇缅边境，经过艰难的丛林追击战，摸到了敌人在缅甸境内的生化基地。此时，高寒为了拿到病毒血清，街救前线的大批战士，也差点献出了生命。战事紧急，正面战场物资短缺。蒋介石盯上了阎锡山早年私藏的军火，阎锡山以军火库建造者李阳失踪为由，不为蒋介石提供军需。戴笠不得不再次求助于五号特工组，让马云飞四人潜入山西，寻找军火库建造者李阳的下落。五号特工组利用日军司令风间义博嗜爱中国画的喜好，窃得蒋介石家里的古代名画为诱饵，钓了风间义博上钩。籍由卖画，深入风间义博居住的司令部，趁机偷拍日军晋中会战战斗记录和花名册，此时酒井也来了，马云飞巧妙周旋，在被识破的前夕，顺利逃出日军司令部。五号按图索骥，马云飞、何坚通过假招供的手段，进入康坑归化监狱。俩人费尽周折，终于取得了监狱里犯人领袖朱非的信任，协助他越狱。朱非行动失败，临死前告诉马云飞，自己就是李阳，五号终于抢在日本人之前找到军火库。五号特工组带着宋美龄心爱的国画回到重庆，准备完璧归赵，一下飞机就碰到了来华援助的美国飞虎队队长陈纳德在机场遇袭。五号特工组没来得及脱身，被老于和戴笠堵在了门口。五号从重庆机场枪击现场查起，利用物理、枪械等知识，依靠心理学和推理演绎等手段，从极为有限的线索中还原了枪击现场，并沿着蛛丝马迹，彻底瓦解了日本人了刺杀阴谋。揭开真相后，马云飞等人奉命保护陈纳德来重庆；陈纳德夫人为了确保陈纳德安全，还请来了美国的安全顾问罗特。罗特到达后，对马云飞等人的行动多有指责，而层出不穷的意外，也让五号特工组屡屡陷入被动。马云飞等人几经周折，发现一切事件的真凶，是安全顾问罗特造成的——这家伙是个冒牌货。五号特工组接到中国远征军孙立人将军的邀请，送一份重要的河道图去缅甸，和他们通行的还有随行记者崔媛媛，马云飞的老同学，高寒为此吃醋不已。他们都不知道此时的崔媛媛其实是易容后的酒井朝香，酒井杀害并冒充崔媛媛跟着五号的目的是混入远征军基地，配合日本轰炸机实施轰炸。只有高寒一个人识破了崔媛媛的面目，其他人却都认为她是在吃醋起疑，不相信她的话。当大家一个个被易容的酒井送进陷阱，指引日本轰炸机的篝火即将被点燃的时候，离队许久的欧阳剑平带着陈纳德的救援赶到。酒井朝香重蹈了她姐姐的命运，五号特工组又一次团聚，高寒和马云飞这一对恋人却成为了陌路。
故事讲述一个迫降的外星人哈利(图代克饰)在接受了自己科罗拉多小镇医生的新身份后，本带着秘密使命来到地球的他，最终提出了人生中的重大课题：人类值得拯救吗？以及为什么他们在吃披萨之前要折叠？
故事发生在三个月之后，Morgan（去伦敦执行奥运会安保任务）和Garcia（帮助Prentiss搬入新家）从英国归来，发现身边多了一个人——长期在联邦调查局工作的语言学专家Alex Blake正式加入BAU调查组。Alex天不怕地不怕，曾因为和Strauss的矛盾而闹得满城风云。Garcia对这个新来的女人并不看好，但Alex高超的技艺最终让她转变了观念。这是好事情——BAU调查组必须明白「团结才是力量」的道理，否则他们无法面对本季的新威胁。在首集结尾观众会看到，某个反派角色不仅一直在嘲弄他们、骚扰他们，甚至在追猎他们。直到本季的季终集，BAU调查组才有机会与这个狡猾凶悍的对手展开正面对决。
