A.S. 122年―― 这是许多企业进出宇宙，建构起巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利， 作为米奥莉奈的新郎，作为股份有限公司高达的一员，度过了充满邂逅与刺激的学园生活。 自奎达工厂发生的事件至今已过了两个星期。 斯莱塔身处学园，日日衷心期待米奥莉奈再会之日的到来。 而米奥莉奈则置身贝纳里特集团本部，紧盯着父亲的状态。 新的困难袭向两人，并且将被迫做出决断。 少女们将各自的思想心怀于胸，前行面对高达所带来的强大诅咒。
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
