喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。
奥创回归将带来更大威胁，据悉泽莫男爵、邪恶大师、征服者康、异人族也会出现。美队、钢铁侠、奇异博士、惊奇女士等也在展开动画版内战！
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
在一个自然保护区的废弃护林员小屋中，住着一只大灰熊，和人一样享受着各种现代设施。然后来了一个大家族——一大群旅鼠们，也搬进了小屋，从此和大灰熊产生了各种爆笑故事。
距离我们上次见到武士杰克已经过去了 50 年，时间对他并不仁慈。阿库摧毁了每一个时间门户，杰克停止了衰老，这是时间旅行的副作用。他似乎被诅咒了，只能永远在这片土地上游荡。他的过去一直困扰着他，还有一群刺客为了阿库的荣耀而致力于杀死他。
