哪吒（郝幽玥配音）尚未出生，就不断遭遇邪恶女魔头石矶（马小灵配音）的暗害。石矶潜伏千年，她帮助残暴的纣王作乱天下，伺机打垮正义力量。哪吒自出生后便力大无穷，生来就拥有神奇的力量。女娲因此选他为与邪恶力量抗衡的正义化身，拯救世人。于是哪吒在女娲、太乙真人和小龙女、小猪熊、雷震子等伙伴们的帮助下，与石矶一方的恶势力展开了惊心动魄的斗争。哪吒在一道道艰险难关中，慢慢磨练成长为一位勇敢坚强的小英雄。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
游戏降临，世界规则重构，人类踏入全民转职时代。天才少年叶尘觉醒隐藏职业死灵法师，遭众人嘲笑其消耗寿元。然拥有不死之身的他，召唤黄金亡灵军团、骸骨巨龙，更让魔王撒旦降世，令世界震惊。
“第一次”是“无论多少次”——。
