故事发生在艾雷西亚精灵学院之中，在这里学习深造的都是出身名门的千金大小姐们，她们要学会如何成为一名合格的精灵使。风早神人（古川慎 配音）是一名平凡的十六岁少年，一次意外之中，他撞见了少女克雷尔（木户衣吹 配音）出浴时的模样，又在误打误撞之中和她签订了契约，就这样，风早神人成为了学院之中唯一的男性精灵使。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
百变校巴带领同学们到户外写生，通过仔细观察他们画下可爱的动物，神奇的自然现象，特别的建筑等，每当遇到困难百变校巴变身超级形态解决难题。在游学绘画过程中，激发小朋友的想象力，从而让他们主动探索身边事物。
