成功营救药老后，重伤的萧炎被带回星辰塔闭关。得益于三千焱炎火和星辰之力的修复，沉睡了一年的萧炎终于苏醒，并晋升为斗尊。为了修复药老的本源魂气，萧炎决定前往远古时期斗圣留下的遗迹。然而，无数势力都觊觎此地的天阶斗技和斗圣骸骨，在遗迹未开启之前，已经有多方势力汇聚于此，所有人都想分一杯羹。与此同时，魂殿的威胁也迫在眉睫，萧炎唯有火中取栗，方可博得一线生机。
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藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
自从王陆以灵剑派仙人为目标展开修行已经过了两年的岁月。他被赋予了“降临下界与俗世接触”的试炼，并前往自己出生的故乡。
