《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
故事讲述了平凡的11 岁小学生李小雨原本是班里的小透明，直到在故宫意外捡到一只神奇的宝石耳环，她的生活彻底发生了改变。在宝石耳环的引导下，小雨闯入了隐藏在故宫里的神兽世界。平日作为雕像待在屋檐上、栏杆上、壁画上的神兽、仙人、精怪，全都在这个隐形的繁华世界里活了起来。从此，每到日月交替之时，小雨就会去神兽世界报道，作为被宝石选中的守护者，她会帮助神兽们解决各种问题。在那里，李小雨不仅结识了很多神兽朋友，还发现了一个仙语者少年杨永乐，而他竟然是自己班里的怪咖转校生。在杨永乐的帮助下，小雨发现了更多神兽世界的秘密，也被卷入了神兽世界的一场危机之中。为了拯救神兽世界，找出最终答案，小雨和怪咖同学杨永乐，以及少年龙子吻兽结为伙伴，开启了一场沉浸于传统文化的奇幻冒险之旅。
