新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
