故事主要讲述了在古老而遥远的泛古大陆，人类与恐龙和谐共处。但随着大陆的守护神----“龙神”的力量减弱，以瑞鹰为首的邪恶势力打破了和平。龙神为了拯救泛古大陆，将自己的力量封存在四块龙晶体，传说谁得到这四块龙晶体，就能得到无尚的力量，统治整个泛古大陆。而地球少年龙翔担起了重新恢复泛古大陆和平的重任。正反双方的龙晶体争夺战一触即发……
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
