传说龙神于神域坐化，若得神之传承者，成神州新主宰。各宗门帮派为夺龙神传承而纷争渐起。主人公楚千夜因其父遗失宗门镇宗之宝之事，而被视为罪人之子，饱受冷眼，为了帮父亲翻案，他决心前往神域找寻案件线索，却在此过程中意外与龙神传承产生了微妙联系。
亡国砚国的狐族公主姜瑾，魂穿乱世，险些沦为异族玩物，她奋起反杀逃出囚笼。逃亡路上，姜瑾收拢残将、解救流离百姓，组建瑾阳军。一路剿匪破敌，吸纳匠人、难民，积蓄人力物资。她挥师攻占孤城戈凤，修筑瓮城防御，开荒屯田，把残破小城打造成乱世庇护所。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
