叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
住在安第斯山脉的印第安男孩佩佩罗在十岁生日的第二天目睹了传说中的“黄金秃鹰”，并踏上了前往黄金城埃尔多拉多的旅程，据说那里有可以拯救穷人的宝藏。这次旅程也是为了寻找七年前前往黄金国后失踪的父亲卡洛斯的下落，以及在看到“黄金秃鹰”那天遇到的女孩奎娜失去的记忆。
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
