主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量…… 三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。 为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于电气的预言书，而喜八过去的哥哥清六带走这本书之后下落不明，喜八和稻子为了寻找这本奇书在京都和滋贺等地逃窜，消失的“电气目录”和其背后隐藏的秘密都等待揭开。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
