在广袤无垠的蛮荒仙界，修仙文化盛行，凡人皆以成为修士为荣。大学生陆航之从现代穿越而来，成为紫云镇上的一介凡人小厮，每天过着如履薄冰的日子，但他不肯认命，一直努力上进，想要摆脱现状，力争上游。 后来，因为一次善举，他得到朱府大小姐朱抚琴和其师兄冷无涯的赏识，并用不懈努力通过重重考验，加入玄心宗，从外门弟子晋升至内门弟子，更被副掌门陈极看中，收入名下，一路披荆斩棘，在修仙之路上一往无前。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
