水无月嘉祥（立花慎之介 配音）出生于一个非常传统的日式糕点世家之中，但他真正想要制作的，却是精美的西式点心。为了实现自己的梦想，水无月嘉祥离开了故乡，并且创立了自己的品牌La Soleil，成为了店里的店长兼糕点师。一天，嘉祥意外的从老家寄来的包裹里发现了躲在里面的两只猫娘香草（佐伯伊织 配音）和巧克力（八木侑纪 配音），心软的嘉祥最终决定收留两只猫娘。之后，个性大胆奔放的红豆（井泽诗织 配音）、自尊心超强的枫（伊藤美来 配音）、个性温和的桂（野口百合 配音）和成熟稳重的椰子（水谷麻铃 配音）也接二连三的来到了嘉祥的身边。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。
