云霄兵败黄河阵，亲人亡故、自身被囚麒麟崖，截教死伤惨重。濒死时绑定沐辰系统，得丹药重生，立誓复仇元始。她营救闻仲、斩杀云中子，依托商朝气运蛰伏，西岐一战诛杀龙吉，接连重创玉虚金仙，奇袭昆仑焚毁玉虚宫。界牌关通天摆诛仙阵力敌四圣，云霄汜水关证道圣人。通天遭玉帝暗算离世，云霄融合两大绝阵，斩杀二圣、废除封神榜，执掌截教复活同门，扭转封神劫数。
故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上。随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
