在全宿舍制的切里顿学园里，羊驼提姆被什么人吃了。
星骸坠落，浊气肆虐，荒兽横行。底层少年林辰身怀万流归墟道体，可气道肉身双修，在戍边时结识伙伴江烈、苏清月，三人联手对抗小城世家的资源垄断。城卫赵坤为除掉林辰，不惜掳走孩童献祭荒兽。林辰借浊气突破境界，觉醒本命铠甲，率底层士兵杀入兽巢救出孩童，粉碎世家压迫。然而域外异族开始入侵，天枢城世家对他虎视眈眈，更大的风暴正在袭来。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
六千年前，魔神皇枫秀与七十二根魔神柱从天而降，所有生物沾染魔神柱散发的气息，立刻会变异成魔族生物，人类随之进入黑暗年代。随后，人类强者自行组织六大圣殿，阻挡魔族前进的脚步，逐渐形成人魔共存的局面。主角龙皓晨，为救母加入六大圣殿之一的骑士圣殿成为一名骑士，在一步步成长冒险中，奇遇，诡计，命运般的爱情与友情不断在他身上上演。龙皓晨坚守骑士精神，通过自己的人格与努力，赢得他人认可。他先是与六大圣殿其他天才少年组成“1号猎魔团”对抗魔族，为人类的生存与尊严奋战。同时不惜献出生命，守护自己的伙伴与最珍贵的爱人。而世界的局势变化难测，更多的阴谋在酝酿，更深的秘密也等着他却揭开。
