普通的“阿仁”因为严重社恐转学来到了一所“没有人类的学校”。在这里，阿仁的同学都是五花八门的动物，老师也是扬子鳄、熊猫这样的珍稀品类。作为一个平平无奇的人类，阿仁在吐丝、筑巢、发光、蜕皮等课程上不知所措，又在体育课被各种动物轮番碾压，甚至连文化课都惨遭“滑铁卢”。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
