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松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
圣迹之地选拔赛结束后，周元和夭夭前往苍玄宗。入宗要先做外山弟子，再参加选山大典，根据成绩选择苍玄七峰，成为正式弟子。 周元和夭夭成为外山的一等弟子，并一一化解敌人的刻意刁难，显露自己的实力。同时，他们与沈万金、顾红衣等人结为好友。 选山大典，周元力压各路天骄，勇夺第一名。但让众人震惊与不解是，周元选择了苍玄七峰里最弱的圣源峰。 这是因为在圣迹之地时，前任宗主苍玄老祖指引周元前往圣源峰寻找苍玄圣印的第二道圣纹。 圣源峰资源匮乏。周元为获取修炼资源，主动请缨参加紫源洞府的资格赛。在获得了洞试资格后，与夭夭一同前往源池历练。
朱利安被废黜，他的王国陷入困境，所以现在他必须与他的前兄弟科托战斗，并在朋友的帮助下释放他的臣民以夺回王国。
