《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
巍巍雪顶茫茫长白山，神秘部落使命在相传，天奇武艺高强十八般，天艺能通兽语世间罕，兄弟齐心继承部落重担。相传古老的长白山，被天上的参宿星群守护着，现在人们把他叫做猎户座，在他的守护下人们过着平静安详的生活，但是有一天忽然星光暗淡，灾难降临邪恶重返。
动画舞台设定在1999年、14岁的明智安娜从2027年穿越回1999年的真未来市、在那里她结识了同为14岁、憧憬成为名侦探的少女小林未来、两人目睹了幻影怪盗团夺走人们珍贵之物、令众人陷入困扰的情景后决定挺身而出，变身为名侦探光之美少女。
