当今大凉，由穿越者组成的拓荒组试图推翻当权者，和朝廷僵持不下，皇帝的兵马在热兵器...
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
全集主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
