《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
有一颗叫D60的行星，这颗星球是巨人幻兽战士们用来修炼的地方。失去记忆的雷古洛思奥特曼为了掌握“宇宙幻兽拳”，与好友迪亚斯一起在这颗星球修行。 雷古洛思以前在交流拳法的时候认识了雷欧奥特曼。结果某天修炼的时候，雷古洛思听说了一件令人震惊的消息，雷欧的故乡L77星被马格玛星人毁灭了。在那之后没多久，马格玛星人的魔爪也伸向了行星D60。雷古洛思与修行宇宙幻兽拳的战士们并肩作战，最终驱逐了马格玛提督沃鲁冈所率领的侵略军团。虽然雷古洛思等人取得了胜利，但也付出了沉痛的代价。 雷古洛思深刻意识到自己的实力还很弱小。他为了增强自己的实力，每天除了道场的修行，还开始了秘密训练……
