21世纪，原本能量稳定的人、神、妖三界由于人类社会的飞速发展而失去平衡，神、妖两界紧急启动救世计划，决定派出一批神仙、妖怪来到人界寻找救世方案。苏莫婷是一个带着“神妖之子”身份的社畜女青年，在被父母以“独立自强”为理由请出家门后，遇到了同样流落人间的二货帅气小萌神——天机星以及神秘沉稳酷猫妖——地魁。在土地的主导下，三人结成救世组合，开始上演搞笑而又扎心的无厘头日常。
藤宫周所住公寓的隔壁，住着学校第一的美少女椎名真昼。两人原本并没有什么瓜葛。有一天，周看到她淋在雨中，把伞借给了她。此后，两人开始了不可思议的交流。 真昼看不下去周自甘堕落的独居生活，帮忙做饭、打扫房间，在各个方面都照顾着周。 真昼渴望家庭间的关系，逐渐敞开心扉开始撒娇，而周却不能完全带着自信接受她的好意。两人尽管不坦率，但还是一点一点缩短着距离……
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
