故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
修真界因天机碎片纷争四起，经脉残缺的叶辰虽无法修炼灵力，却拥有顶尖推演天赋。宗门覆灭后，他携同伴与至宝逃亡，借至宝觉醒能力，闯荡各方势力、收集碎片。临近终点才发现自己沦为敌人棋子，绝境中逆转因果，挣脱算计，以本心打破宿命，终结天机棋局。
