现代超市老板赵守业绑定“超市系统”穿越大乾饥荒年。绝境开局，他将现代超市里的廉价百货，化作乱世中活命的仙丹与造神的法宝，以‘降维打击’般的科技狠活轻松收服天下奇才，更凭一辆摩托征服皇帝，两人骑着重机车结为过命兄弟。赵守业祭出无人机轰炸、全息投影与“没良心炮”，用现代工业魔法对冷兵器大军展开嚣张的降维打击，平定乱世、肃清朝堂。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
