电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
本片主人公小鹿迪尔是九色鹿王的后代，他父母是“木”领地的鹿王，被饕餮族的达大王长期囚禁，并逼迫为其提供鹿王能量，更麻烦的是达大王还派了凶猛的饕餮战士王大明去抓捕迪尔，以消灭和他对抗的潜在威胁。
在500年前，蚩尤欲引入化外毁灭三界，天地存亡旦夕不保，有十五位英雄联以生命为代价，终将蚩尤封印于战神山武神坛，500年后蚩尤破封在即，人间群魔骚动，三界有志之士携手挽救苍生，故事就此开始... ....前世结的缘，今生何以再续？
二阶堂明本来是个笑起来很阳光的男孩，很受欢迎。但初中一次意外事件，给他留下了严重的心理创伤。上高中后，他整个人变得死气沉沉，也不与人打交道，犹如从伊藤润二漫画中走出的男子，传闻跟他搭话就会变成秃头。大家对他避之不及，但偏偏有人不信邪，要去找他搭讪……
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
