百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上。随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始。
不会有什么有趣的事情发生吗？虽然智子心里发牢骚，但她自己并没有真正做任何事情，而是和小优以及突然闯入的黑帮（至少她是这么认为的）一起度过了慵懒的中学生活。有一天，智子用她找到的钥匙潜入了禁区屋顶。当我享受着一种奇怪的自由感时，一个我不认识的低年级学生偷偷溜到了屋顶上。智子非常慌乱，行为开始变得奇怪。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
