18 岁的林默觉醒 F 级无职业，沦为全城笑柄，却意外绑定唯一隐藏职业“灵魂主宰”。为突破副本等级限制，他在黑市偷渡刷魂、征战地下竞技场，搏出临时 D 级身份，强势加入寒冰公会。与陈雪组队后，他揭开黑炎组织的“主宰计划”，揪出公会内鬼。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
