前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
萧炎初入中州奇遇不断，实力一路高进。为寻找药老昔日挚友风闲，萧炎独闯四方阁大会脱颖而出震惊全场，风闲许诺定会全力协助萧炎营救药老。冰河谷垂涎厄难毒体疯狂追捕小医仙，萧炎怒歼对手双方结下不解之仇。 冰河谷怀恨在心勾结魂殿大肆围攻萧炎，危急关头萧薰儿破空现身强势出手，携古族之威雷霆退敌，两人互诉衷肠后不舍暂别。丹会如期召开，萧炎力压一众竞争者荣获冠军。不料丹塔异宝三千焱炎火意外失控，萧炎力挽狂澜挫败魂殿计划，惊险降服火灵再添一大助力。药老被魂殿暗中转移至亡魂山分殿囚禁，萧炎不惧强敌立即集结人马抢攻，数轮恶斗后终于成功救出药老，师徒再度相聚但萧炎却付出巨大代价仅存一线生机。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
拥有一头乌黑长发和白皙皮肤的高中女孩黑泽爽子（能登麻美子 配音），大概是过于内向不善交际的缘故，虽然她是如此善良且乐于助人，可是仍然被周围的同学认为过于阴郁，而刻意疏远躲避，甚至称之为“贞子”。即便如此，爽子也不愿争论和辩解，默默承受着这一切。然而独独有一个人主动接近了她，这就是爽子的同班同学——英俊帅气且备受欢迎的风早翔太（浪川大辅 配音）。由于翔太的努力，同学们渐渐接受了爽子，爽子也体会到同龄人应有的快乐。时光流逝，某种难以名状的情感在爽子和翔太的心中滋长，橙色青春，如此难忘……
某天，鱼从海洋中消失了。水产省启动了很早以前就开始筹划的 “宇宙鱼塘”的试验运用。尾道设立了“尾道宇宙渔业团”，并培育出了宇宙渔师。近年来，随着男女雇用机会均等法的强化，“女性也可以成为渔师”的呼声高涨，在这种状况下，6名新进宇宙渔师候补生被选拔出来。舞台是尾道，目标是宇宙。这是描写以宇宙渔师为目标的6人成长的故事。
