城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
在蓝星之外，平行世界尽头的深渊中，封印着一众自远古时期遗留的可怕存在。这道深渊的封印由各族精灵仙子轮流看守，每百年轮换一次。直到有一天，精灵女王意外受到重创，长眠不醒，没有了女王镇压，藩王作乱，欲与异族联手抵达蓝星，攻占人类世界……
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
