三眼国王要占领魔方市，失误将神奇能量道具散落各处，而皮皮鲁恰巧通过神奇能量道具意外闯入缩小玩具世界，重启冒险之旅！一场神奇能量带来的奇妙体验，一场重创三眼国王阴谋反击战拉开序幕！
这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
