人见人怕的六届最强女魔头一夜之间惨遭变小，被欺负？被压迫？被暗杀？不可能的！喂，那边那个废柴剑修，送本尊回家的任务就交给你了！
神力无边者无法区分小树枝和竹节虫；岩石让院子变得清新。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
宁静的小镇村住着一位神秘的尤教授，他通过科学实验创造出了三个拥有超级力量的完美女孩，她们的名字分别是：泡泡、毛毛和花花。泡泡的性格在三人之中最为天真开朗，毛毛的性格在三人之中较为暴躁易怒，花花则是天生的领袖和代言人，她们三个人互相帮助，补足对方的不足，组成了以惩奸除恶为终极使命的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民们呼叫飞天小女警前往帮助他们，小女警们的首要任务就是与各方反派势力斗智斗勇。三位超能小女警需要在小镇需要她们的时候出动，打击罪犯，用自己无与伦比的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。在本季中，小女警们将花费一整天的时间探索尤教授的实验室，并发现里面其实有令她们意想不到的秘密。
