故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
天才高科技少年侦探狗十一，意外遇上拥有百变能力的系统魔方小白。二人肩负使命，踏上穿越时空之旅，只为修复错乱的地球时间线，解开世间各类未解之谜。他们穿梭古今、跨越地域，开启一场场惊险又趣味满满的科学冒险：奔赴巴黎夜幕，与传奇侦探福尔摩斯联手追捕神秘的开膛手杰克；探秘尼斯湖深处，追寻水怪的踪迹；穿越远古三星堆，破译古蜀文明隐藏的千古秘密；驾驶直升机勇闯百慕大三角，倾力寻找失踪亲人的下落。狗十一与小白深陷一桩桩趣味科学谜案，在时空现场并肩作战、守护城市安宁，一路破解谜题、化解危机，最终迎来与宿敌开膛手杰克的终极巅峰对决！
