绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。
为了逮捕宇宙罪犯（天才科学家）畸咕，银河警备队队长青龙一路追捕，但是在和畸咕战斗过程中掉入陷阱，误打误撞来到了地球。在地球上，青龙结识了善良、正义的小男孩天翼。不料畸咕也跟随着来到地球，在发现地球有丰富的物种资源之后决定改造地球生物成为他自己的军队。为了阻止畸咕侵略地球的计划，青龙、天翼和他们的伙伴们踏上了维护地球和平的全新征程。
