前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
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城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
在历史悠久，文化底蕴深厚的故宫之中，住着很多可爱的猫猫，在人类看来，它们过着令人艳羡的悠闲生活。其中有六只御猫与众不同，它们肩负着保护文物记忆——“物华”的重任。它们进入物华的世界，一次次战胜破坏者黑枭，让物华世界重新回归到正确的轨道上，从而守护文物。这六只御猫分别是文班的鲁班、么么，和武班的霜眉、鳌拜、平安、小仔，它们智勇双全、默契无间，组成了守护国宝物华世界的——紫禁御喵房。
