这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
该剧由亚当·里德（Adam meijubar.net Reed）制作时长30分钟的动画喜剧。讲述了发生在一个国际情报机构ISIS的故事。在危机席卷全球的时刻，这对ISIS训练有素的员工们认为是一个相互矛盾、破坏、相互矛盾的机会。男星乔恩·本杰明(Jon Benjamin)在剧中为他的前女友——间谍拉娜·凯恩(Lana Kane)配音，杰西卡·沃尔特(Jessica Walter)担任盛气凌人的母亲兼班长马洛里的配音，阿伊莎·泰勒(Aisha Tyler)在剧中为他的前女友——间谍Lana Kane配音格里尔）则为马洛里的工程师奇瑞担任配音。
