故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
主角高文，本是地球上的一名普通人，却遭逢飞机失事，它的意识穿越时空，附生在了诺伦星球的一颗人造卫星上。在当“卫星精”的岁月中，他站在“上帝视角”，见证着诺伦星球生命的出现，文明的诞生与更替。终于，随着卫星的逃逸系统启动，高文的意识被发送到了一个公国逝世700年的开国领袖身上，揭棺而起的他将用先进的科技与思想挽大厦之将倾，让公国再次伟大！
