在第三季中，乐佩回到了科罗娜王国，拯救自己的父母和瓦里安的父亲，经过一系列冒险终于准备好正视卡桑德拉的背叛和Zhan Tiri的邪恶计划，一场大战一触即发。
有一颗叫D60的行星，这颗星球是巨人幻兽战士们用来修炼的地方。失去记忆的雷古洛思奥特曼为了掌握“宇宙幻兽拳”，与好友迪亚斯一起在这颗星球修行。 雷古洛思以前在交流拳法的时候认识了雷欧奥特曼。结果某天修炼的时候，雷古洛思听说了一件令人震惊的消息，雷欧的故乡L77星被马格玛星人毁灭了。在那之后没多久，马格玛星人的魔爪也伸向了行星D60。雷古洛思与修行宇宙幻兽拳的战士们并肩作战，最终驱逐了马格玛提督沃鲁冈所率领的侵略军团。虽然雷古洛思等人取得了胜利，但也付出了沉痛的代价。 雷古洛思深刻意识到自己的实力还很弱小。他为了增强自己的实力，每天除了道场的修行，还开始了秘密训练……
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
