大端朝全盛之际，牧云皇族和穆如世家三百年的盟约因为一个预言而冰裂。预言说，六皇子牧云笙执剑则天下大乱，而穆如寒江将成为未来的皇帝。以牧云栾和牧云德为代表的地方势力密谋趁机夺权，为此不惜与邪恶势力合作。太子牧云笙不爱江山不信天命，为追寻真爱宁愿牺牲权力地位。穆如寒江生于世家长于市井，喜欢自由，又想守护秩序，历经艰险磨难，终于回归家族。硕风和叶在与穆如铁骑的战斗中失去了亲人和族人，经过了血与火的洗礼，生与死的诀别，人情的冷暖，权力的碰撞之后，他从一个复仇者成长为铁沁之王。
马丁对血的恐惧丝毫未减，每次要从一个女学生的耳朵里取出铅笔，他都差点儿作呕。尽管如此，他仍然想重返外科手术。路易莎离开了小镇，昔日的同学伊迪丝的来访让他动摇了主意。伊迪丝如今在私人诊所里事业有成。然而，琼的朋友芭芭拉出了一场意外，事故是由蒂谢尔太太的丈夫克莱夫造成的，克莱夫在石油钻井平台上工作时失聪了。伊迪丝想给她做手术，但马丁否决了她，因为他觉得芭芭拉可以在家治疗，这想法没错。伊迪丝前来道歉，在马丁家待了没几分钟，路易莎就怀着孕回来了。
《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
分为七单元
杨云飞（吴京 饰）年幼时被崇真派掌门人青松道长（吴卫东 饰）收养，在雾峰山苦心习武，长大成人。然而，苦于门派内禁律森严，杨云飞一直无法正式拜入崇真派门下，这让杨云飞感到十分受伤，最终决定离开。无敌门主独孤无敌（杨帆 饰）一直将青松道长视为自己最强劲的敌手，希望有朝一日能够将其打败，让自己的门派取代崇真派，成为江湖第一。独孤无敌向青松道长派去了战帖，在这场旷世恶战之中，两人两败俱伤。独孤无敌的妻子沈曼君（崔红红 饰）于偶然之中救下了身负重伤的青松道长，随着时间的推移，两人之间渐渐产生了真挚的感情，这让独孤无敌感到十分愤怒，发誓要将青松道长除之而后快。
