唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。.
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。
故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
扎克是一名十几岁的男孩，他戴着父亲的一条项链去冲浪，不料被巨浪卷入海中，最后奇迹般被一艘海盗船救起，来到了百慕大三角，海盗船上有一把会说话的神奇宝剑。扎克发现父亲的项链叫做贝鲁之眼的神奇宝石，可以赋予他强大的力量，想要回家，就要变成海盗船船长征服七大洋。为此扎克组建了一支团队：一个鬼男孩，一位亚特兰蒂斯公主，一个维京人还有一个外星人，他将面临的是激烈的海上冒险和意想不到的挑战，从中让自己变得更强大。
