一颗流星将邪恶击落至浩瀚银河的最远端。宇宙地狱挡住了他们的去路。愤怒吧，正义的大剑号！（片头旁白）银河联邦奋力反击由罗伯莱昂将军率领的麦哲伦帝国，后者主要从他们的星球“帝国”入侵银河系，但由于其压倒性的军事实力，他们陷入了劣势。与此同时，每隔950年就会接近“帝国”的彗星“魔星”的力量唤醒了“帝国”的守护神大剑号。“帝国”的二王子利格尔和他的同伴们骑乘大剑号，发动了反击。
这是导演佐藤达夫的突破之作，他后来凭借《火星继承者：抚子》一举成名。这部动画讲述了三个少男少女组成的“少年侦探社”侦破神秘案件的故事，充满了戏仿的元素。五年级的小学生花冈勇和她的同学月影俊、雪见聪在一间仓库的地下室里发现了她们祖先——新选组的记录。三名少女意识到她们的使命是对抗邪恶的黑天狗一族，于是她们带着“新选组”（一群正义的盟友）给予她们的三件物品，出发去惩罚黑天狗一族以及在小镇上肆虐的各种恶棍。
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因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
