架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
云霄兵败黄河阵，亲人亡故、自身被囚麒麟崖，截教死伤惨重。濒死时绑定沐辰系统，得丹药重生，立誓复仇元始。她营救闻仲、斩杀云中子，依托商朝气运蛰伏，西岐一战诛杀龙吉，接连重创玉虚金仙，奇袭昆仑焚毁玉虚宫。界牌关通天摆诛仙阵力敌四圣，云霄汜水关证道圣人。通天遭玉帝暗算离世，云霄融合两大绝阵，斩杀二圣、废除封神榜，执掌截教复活同门，扭转封神劫数。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
拥有不幸体质的和泉每次都会遇到倒楣的事情，在高中联考时，他在女强人式守的帮助下，才得以拿回被风吹到树上的准考证，从而考上高中。和泉一直想亲自向她道谢，但没想到的是两人很有缘地就读了同一所高中，并成为了男女朋友。在和泉眼中，式守是一个完美的女朋友，总在危机发生的一刻帮自己挡灾，但没想到她仍是有弱点的。两人的爱情喜剧故事，在高中校园内展开。
