在末日世界，全球多个战区相继沦陷，华夏战区也岌岌可危。主角夜宁前世虽拥有神级天赋，但因被人暗中算计错过天赋测试，只能在末日艰难求生，家人惨死，自己最终也战死在首都防线。然而，命运让他重生回参加天赋测试的那一天，还意外绑定了末日剑神系统。系统赋予他将普通剑技强化为SSS级技能的能力。重生后的夜宁，凭借着前世的记忆和对危险的敏锐感知，迅速在天赋测试中崭露头角，展现出强大的天赋，引起各方关注。他加入了安全区的火种序列，开始接受培养，不断提升自己的实力。在这个过程中，他结识了志同道合的伙伴，共同面对末日中的各种危机，如变异体的大规模袭击、神秘组织的阴谋等。随着实力的提升，夜宁逐渐揭开了末日背后的真相。为了拯救人类，夜宁在战斗中不断突破自我，发挥出末日剑神的真正实力，最终成功战胜敌人，为人类迎来了新的希望。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
