该剧集描绘昭和17年（1942）， 日本从殖民地台湾大量征召台籍青年，替日军监看战争中捕获的盟军战俘；这些台籍战俘监视员们，卷入了一场冷血屠杀，被盟军检察官指控犯下「虐待战俘」的罪行。有些人因此再也没有机会回到台湾，有些人回来了，却不再开口提起岛上发生的事。
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
本剧讲述了六扇门捕头云飞飞和乾坤帮位高权重的顾临渊，二人是水火不容的死对头，头一次碰面就剑拔弩张，然而揭开神秘面纱后，彼此竟是分别多年刻骨铭心的恋人，于是两人再次情难自禁，在困境中不顾一切彼此相守。随着两人的破镜重圆，当年尘封的谜团也逐渐被解开。
