《凤游龙门》围绕豪门内斗展开，讲述了身份低微的落魄秀才之女，阴差阳错嫁入人丁不旺的富豪之家，机缘巧合得掌大权，却遭来寡妇的愤恨，从而引起一连串家族纷争。
25岁的井上薰（冈田准一饰）是东京警视厅警备部的SP，即security police，工作是保护政要人物的安全，但并不具有抓捕犯人的权力。由于儿时目睹父母在恐怖活动中身亡的场面，井上具有神奇的意念感应能力和异常敏锐的观察力，明明是在搜索疑犯，却被误会为发呆，让人质疑他的工作能力。由于井上总是违反要求，直接去逮捕恐怖分子，这使他的同事们颇为不满。好在有上司尾形总一郎（堤真一饰）的时时维护，井上才免于上头的责罚。现实生活中，井上希望拥有一个女朋友，但机械地说出“请以结婚为前提和我交往”以及紧张的精神状态总是把女孩子吓跑，和同事笹本絵里（真木よう子饰）的打闹中亦有擦出花火。
本剧讲述神医白岳、侠女叶兮和摄政王苍歧三人之间的情感纠葛和成长经历，在经历波折后三人以一己之力守护朝野和武林太平，让百姓得以安居。
鱼龙混杂的火车站，行行色色的警匪小人物。每一副不起眼的皮囊之下，不仅各有神通，更有各自的隐秘往事。没有人是完美作案者，亦没有人是命运真正的赢家。
