天下三万州，共尊朝歌，但是诸侯林立，宗派遍地，各有心思。临安城秦家女婿许无舟意外得到宝器“轮回碗”，不断吞噬金属，壮大自身，并隐藏暗处帮助秦家度过危机，挽回自己在秦家的坏印象。不想，稷下学宫强行收许无舟的妻子为徒，许无舟为了接回妻子，毅然加入已经落魄的道宗。只是，此时的道宗虽然名义上为天下道门领袖，但天下道门已经不再尊崇其为天下共主。许无舟莫名其妙地担起重振道宗的重任……
北域剑神沈追镇守人界北域八年，奉师命赴冀州履约成亲，本欲退婚寻找幼时救命恩人，却发现未婚妻正是苏清月。苏家众人轻视看似文弱的沈追，苏家又逢苏父重伤、权臣谋夺王位，内忧外患。沈追决意报恩相助，追查中揪出苏家内鬼，查获官员私通匈奴、邪修渗透的阴谋，亮出身份震慑各方，化解危机，也慢慢打动苏清月。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
