天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
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由于时间公主时希的时间法术和御王黎灰的空间法术碰撞，带着叶罗丽仙境的仙子们一起进入了小朋友的内心世界。在这个充满童趣的玩具世界里，他们必须完成游戏和谜题，闯关成功才能回到原本的世界。另一边，每次整点报时，他们就可以从夹缝中回到现实世界，时希和黎灰通过四时钟看见了宇宙的奥秘，奇幻的星系、地球之外的天文世界瑰丽的展现
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
